Istorijski gledano, prve transplantacije krvi iz pupčane vrpce vršene su sa punom krvlju iz pupčanika i iz toga se zaključuje da nije neophodno obrađivati krv iz pupčanika da bi se spasili životi pacijenata. Međutim, nakon višedecenijskog iskustva u ovoj oblasti transplantologije, napretkom same biomedicine i tehnologije kao i saznanja da upotreba pune krvi može ozbiljno da ugrozi život već ugroženog pacijenta, danas skoro sve banke krvi iz pupčanika, javne i privatne, prerađuju (separišu) krv iz pupčanika pre skladištenja. Preradom se uklanja plazma, tako da se smanjuje zapremina koja ide u kriotank. Obrada takođe uklanja crvena krvna zrnca, kako bi se izbegli toksični efekti crvenih krvnih zrnaca koja pucaju tokom zamrzavanja. Nakon obrade, poslednji deo koji se kriokonzervira i čuva naziva se „buffy coat“; to je deo krvi koji sadrži i bela krvna zrnca i matične ćelije. Lekari, istraživači i naučnici rigorozno smatraju da je ekstremno važno ukloniti crvena krvna zrnca, dakle separisati uzorak pre čuvanja matičnih ćelija iz krvi pupčane vrpce. Crvena krvna zrnca se uklanjaju, jer imaju tendenciju da pucaju tokom zamrzavanja, što oslobađa raspadne molekule hemoglobina i na taj način deluju toksično na organizam primaoca.
Eritrociti, odnosno crvena krvna zrnca su zaista posebne ćelije našeg organizma koje nam omogućavaju da dišemo. Međutim, ukoliko govorimo o čuvanju krvi iz pupčanika koja je uskladištena na -196*C, moramo imati u vidu da: membrana (omotač) eritrocita je prilično fragilan i na najmanja kolebanja osmotskih pritisaka,a kamoli ekstremnih temperatura. Ukoliko se eritrociti i plazma ne separišu pre zamrzavanja, život pacijenta koji su već zdravstveno ili životno ugroženi nakon primene takvog transplantata može biti potencijalno ugrožen zbog toksičnosti raspadnih produkata koji nastaju pucanjem eritrocita pri zamrzavanju - odmrzavanju uzorka. Puna krv se ne može primeniti kao takva recimo u kičmeni kanal – ukoliko je potrebno aplikovati je u slučaju neurološke bolesti ili stanja. Separacijom krvi iz jedinice krvi pupčanika ne separišu se matične ćelije, niti se gubi na njihovom kvalitetu. Separacija podrazumeva odstranjenje pre svega eritrocita, kako bi se neželjena dejstva terapije (transfuziološke reakcije, oštećenje jetre i slezine) svela na najmanji mogući procenat. I za kraj, separacijom uzorka se smanjuje mogućnost pojave neželjenih efekata kod pacijenata usled nekompatibilnosti krvih grupa, ukoliko se uzorak koristi kod brata ili sestre.’’ – istakao je dr med Kristian Martin, medicinski direktor Bio Save Fondacije.